Im Anschluss an die Unterstufen werden die SuS weitere drei Jahre in der Mittelstufe unterrichtet; sie sind dann im Schnitt zwischen 11 und 14 Jahre alt. Konzeptionell erfolgt eine Fortsetzung der Lernbereiche aus der Unterstufe, wobei handelndes Lernen weiterhin ein wesentlicher Aspekt des Unterrichts ist. Im Vergleich zur Unterstufe ändert sich die Klassenstruktur, da viele „Seiteneinsteiger“ aus dem Gemeinsamen Lernen oder aus der Förderschule mit dem Unterstützungsbedarf Lernen hinzukommen.
Der Unterricht erfolgt im Klassenverband in heterogener Zusammensetzung. Die Schülerinnen und Schüler haben Gelegenheit, an einzelnen Arbeitsgemeinschaften teilzunehmen. Da sich die SuS im Übergang von der Kindheit zur Pubertät bewegen, ist es wichtig, Angebote für Kinder und Jugendliche zu machen. Sowohl basale und spielerische Aktivitäten (Bewegungsspiele, Lego, Playmobil, Rollenspiele, etc.) als auch altersgerechte Angebote für Jugendliche (Musik, Tanz, Rückzugsorte, Mädchen/Jungengruppen etc.) sind von Bedeutung.
Wesentliche Hauptziele der Mittelstufe sind: